Мікроскоп , як і будь-який інший прилад, вимагає належного догляду. Це досить крихкий предмет, і тому термін експлуатації безпосередньо залежить від дбайливого ставлення до нього. Найлегше привести до ладу(почистити) освітлювальну лампу і місце навколо неї. Фланелева ганчірка, змочена в спирті, легко впорається практично з будь-яким забрудненням, а от з оптикою все буде набагато складніше.
За об'єктивами, які використовуються для імерсійної мікроскопії (вони позначені чорним), потрібен особливий догляд. Адже в цьому методі дослідження між об'єктивом і предметним склом вводиться краплина спеціального масла.
Хоч такий спосіб і дозволяє підсилити яскравість і розширити межі досліджуваного зображення, після нього необхідно ретельно прибрати рідину за допомогою ганчірки (вата для цього категорично не підходить), а залишки витерти спеціальним засобом для очищення.
Самостійно можна протерти лінзу окуляра, яка прикладається до ока, і об'єктиви ззовні. Для лінз окуляра можна використовувати ганчірку для протирання окулярів або змочений спиртом ватний диск. Якщо пил з якихось причин потрапив всередину, не варто намагатися самостійно розібрати окуляр мікроскопа. Якісно це зможуть зробити тільки професіонали, які мають спеціальне обладнання та навички.
Об'єктиви забруднюються набагато частіше, особливо якщо проводяться дослідження методом імерсійної мікроскопії. Їх можна почистити безпосередньо на самому мікроскопі, просто повернувши револьвер у відповідне положення.
Почистити об'єктив мікроскопа можна і за допомогою повітря, використовуючи для цього звичайну гумову грушу. При регулярному використанні приладу рекомендується віддавати його для профілактичного технічного огляду в сервісний центр. Це дозволить значно подовжити термін служби вашого мікроскопу.
Після кожної серйозної чистки, якщо прилад розбирався – слід проводити юстування. Для нового мікроскопа цієї процедури не потрібно робити, так як тестування і налагодження проводилося безпосередньо на заводі.
Юстування – це налаштування зображення, якщо воно стало нечітким, каламутним або двоїться, а калібрування мікро-і макрогвинтом не приносять бажаного результату. Така перевірка необхідна при покупці вживаного мікроскопа
Налаштування проводиться спеціальними юстувальними гвинтами, але нерідко для того, щоб знайти проблемну ділянку доводиться розбирати прилад повністю. В жодному разі не потрібно робити це самостійно, навіть якщо мікроскоп здається найпростішим пристроєм в світі. Це зовсім не так, а зайва ініціатива може закінчиться покупкою нового лабораторного обладнання.